Viêm họng cấp ở trẻ nhỏ chủ yếu là do vi rút (Adenovirus, Coronavirus, Cytomegalovirus, Epstein-Barr virus, Enterovirus, Herpes simplex virus, Metapneumovirus, Influenzavirus, Parainfluenza virus, RSV, Rhinovirus).
Nguyên nhân vi khuẩn chiếm khoảng 30%, trong đó hay gặp nhất là do liên cầu tan huyết beta nhóm A (Group A beta hemolytic streptococci- GABHS). Vi khuẩn khác ít gặp: liên cầu nhóm C,G, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, Neisseria gonorrhoeae (lậu cầu), Corynebacterium Diptheriae (vi khuẩn gây bệnh bạch hầu),….
Trẻ mắc viêm họng cấp do liên cầu tan huyết beta nhóm A (GABHS) nếu không được điều trị có thể dẫn tới biến chứng nguy hiểm: thấp tim, viêm cầu thận cấp. Vì vậy, cần xác định căn nguyên gây bệnh ở trẻ để có thái độ xử trí đúng đắn.